Hiver 2117, un véhicule en fuite s’écrase contre l’édifice du Bureau de la sécurité publique. Le chauffeur est identifié comme étant Izumi Yasaka, une conseillère psychologique de Sanctuary, un centre d’isolement pour criminels latents situé dans la préfecture d’Aomori. L’enquêtrice Shimotsuki et l’inspecteur Ginoza sont alors chargés de l’escorter jusqu’au centre afin d’y mener des interrogatoires…

Été 2112, Teppei Sugô, un pilote accompli des forces spéciales de l’Armée japonaise, se joint à l’opération militaire d’Okinawa.Trois mois plus tard, un drone de combat sans pilote ouvre le feu sur le ministère de la Défense à Tokyo. L’agent Tomomi Masaoka est envoyé pour éclaircir cette affaire. 

À la suite de l’incident survenu en 2116 dans l’Union de l’Asie du Sud-Est (S.E.A.U), Shinya Kôgami a repris son périple loin du Japon. Lors du sauvetage d’un bus de ré-fugiés attaqué par des guérilleros, il rencontre une jeune fille, Tenzin, qui le supplie de lui apprendre à se battre…