Des villageois portés disparus, privés de conscience, reviennent se faire exploser à Konoha… Devant ce mystère insoluble, Kakashi se résout à rappeler Sasuke. Cherchant à savoir qui se cache derrière ce phénomène, Sasuke part à la rencontre d’Orochimaru qui le guidera sur une île mystérieuse … C’est à présent le temps de la paix à Konoha et tout semble aller pour le mieux dans le monde shinobi. Kakashi, nommé 6e Hokage, veille au grain, tandis que Naruto se prépare à l’exercice du pouvoir. Seul Shikamaru semble très préoccupé par une étrange enquête portant sur des disparus…