La classe E engage la dernière ligne droite jusqu’à la fin de l’année et les examens d’admission au lycée. Après avoir découvert le passé de M.Koro, Nagisa propose à ses camarades de changer d’objectif : sauver leur professeur et non le tuer … La vie continue dans la classe E de Kunugigaoka, mais la fin de l’année approche et les élèves vont devoir faire des choix quant à leur avenir professionnel. Ces derniers refusent toujours d’abandonner leur professeur à son sort et mettent à exécution leur plan d’infiltration de l’école. De nombreuses embûches les attendent, mais tout ce qu’ils ont acquis durant l’année leur sera d’un grand secours. Quel sera le dénouement final ?